L’orgue de l’église Saint-Jean-Baptiste est le 615e Opus de l’entreprise mascoutaine Casavant frères, qui a ce jour, a fabriqué plus de 3 800 instruments partout dans le monde. À son concert inaugural en 1915, le grand orgue de l’église Saint-Jean-Baptiste constituait un sommet dans l’art de la facture d’orgue nord-américaine, rivalisant avec les orgues de dimension semblable au Canada et aux États-Unis. Il a accueilli des organistes prestigieux tels Marie-Claire Alain, Antoine Reboulot, Gaston Litaize, Olivier Latry, et Jacques Boucher, qui en a été titulaire pendant 32 ans.
L’église Saint-Jean-Baptiste possède trois orgues de grande qualité :
1. un grand orgue aux possibilités multiples en raison de ses qualités sonores et de sa dimension imposante (Opus 615, du facteur Casavant : 68 jeux);
2. un orgue de chœur (Opus 616, du facteur Casavant : 15 jeux); non disponible à la location, ne peut pas être utilisé.
3. un orgue de chapelle plus modeste, installé à la chapelle Saint-Louis attenante à la grande église (Opus 656, du facteur Casavant : 9 jeux), non disponible à la location, ne peut pas être utilisé.
